기금운용위원회가 모든 의사결정을 하기 어려우므로 그 산하에는 세개의 전문위원회가 두고 있다.
수탁자책임전문위원회(이하 수탁위), 성과보상전문위원회, 투자정책전문위원회가 그것이다. 이중 수탁위는 국민연금의 책임투자 및 보유한 상장주식에 대한 주주권 행사 등에 관한 다음 각 호의 사항을 검토하거나 결정하고 그 결과를 기금운용위원회에 보고하는 것을 핵심 기능으로 한다.
언론에 보도된 바에 따르면 기금운용위원회는 수탁자책임전문위원회(이하 수탁위)가 대표소송 제기 여부를 결정하는 주체가 되며, 소송과 관련한 실무는 기금운용본부가 담당하는 것으로 지침을 개정할 계획이라고 한다. 재계 인사들이 우려를 표하는 지점은 수탁위가 해당 의사결정을 하기 위한 전문성이 충분한지, 또한 외부, 특히 정권의 기업벌주기식 소송이 남발되지는 않을까 하는 점이다.